הנהלת מגדלור הינה גוף המורכב מנציגי הקהילה נציגי הרשות ונציגי הסוכנות היהודית והינה הגוף אשר קובע את מדיניות הפעלת המרכז הקהילתי בישוב.
הנהלת מגדלור מתכנסת בקביעות אחת לחודש, בישיבות ההנהלה משתתפים חברי ההנהלה וכן נוספים נוספים לצורך.

בדירקטוריון פועלות מס' ועדות: